House of Dead Ninjas är ett vertikalt sidoscrollande plattformslir med coolingen på bilden nedanför som spelets protagonist. Du är alltså en ninja, beväpnad med svärd, shurikens och bomber. Ditt mål är att ta dig neråt, och skyndsamt ska det gå. En tidsmätare tickar nedåt från trettio och du måste samla på dig en klocka som förlänger tiden upp till halvminuten igen, och det inom nyss nämnda tidsperiod på en halvminut. På vägen ner stöter du på upp till arton överjävliga fiender, beroende på din egen skicklighet. Till din hjälp har du svärd, shurikens och bomber. Det finns även extraliv på vägen ner. Dessa liv fyller ingen annan nytta än den att det förlänger antalet nivåer du kan ta dig ner. Antalet är nämligen oändligt och spelet har inget slut.